N

微生物組（Microbiome）是指一個(gè)特定環(huán)境中的微生物群，它們生活在一定環(huán)境空間，相互影響并彼此平衡，從而形成了相對穩定的生態(tài)環(huán)境。

包括微生物（細菌、古細菌、低等或高等真核生物和病毒）的基因組（基因），以及其周?chē)h(huán)境在內的全部。特點(diǎn)是結合了宏基因組學(xué)、代謝組學(xué)、宏轉錄組學(xué)、以及宏蛋白組學(xué)等和臨床/環(huán)境數據的集合。

近年來(lái)，隨著(zhù)現代分子生物學(xué)技術(shù)的逐漸成熟，科學(xué)家們對微生物的研究逐漸由單一微生物轉向特定環(huán)境中的整個(gè)微生物群體，如宏基因組學(xué)和代謝組學(xué)等。

<<<< 01 研發(fā)背景

由于各種組學(xué)實(shí)驗步驟繁多,數據量龐大,非SOP的不確定性使得我們在研究微生物組的過(guò)程中數據偏離真實(shí)情況。ATCC的一些實(shí)驗表明，提取方法，引物特異性，平臺不同等都會(huì )影響到微生物含量的真實(shí)反饋。

圖1 常規實(shí)驗流程

<<<< 02 應用領(lǐng)域

核酸提取是病原微生物組分子生物檢測技術(shù)的基礎和關(guān)鍵技術(shù)環(huán)節之一，所提取的核酸的含量和質(zhì)量不僅影響到檢測的速度，也影響著(zhù)檢測的特異性和靈敏性。

不同提取方法對不同類(lèi)型病原菌提取存在很大的差異，尤其是對非單一菌的提取。雖然現在已經(jīng)有了各種商業(yè)化提取試劑盒，但這一問(wèn)題仍未得到完美解決，提取效率不能穩定、準確，后續的建庫、測序、生信分析就無(wú)法真實(shí)還原微生物的真實(shí)情況。

ATCC通過(guò)使用兩種商業(yè)化核酸提取試劑盒對口腔拭子標準品分別做提取實(shí)驗（圖2），與預期結果做對比以此來(lái)優(yōu)化核酸提取方法。(口腔拭子基因組標準品ATCC® MSA-1004™和口腔拭子全菌株標準品ATCC® MSA-2004™，均為通過(guò)細胞計數等量分配菌株或經(jīng)熒光定量后等量分配基因組拷貝數產(chǎn)品。）

圖2 ATCC口腔拭子微生物組基因組混合物的宏基因組分析

圖3 兩種商業(yè)化試劑盒提取口腔拭子微生物混合物的宏基因組分析

圖4 兩種商業(yè)化試劑盒提取口腔拭子微生物混合物的宏基因組分析

圖5 口腔拭子標準品（ATCC® MSA-2004™）中單獨菌株

上圖中可以看出2種商品化的提取試劑盒不論在細菌占比、DNA濃度都不同程度偏離了預期的提取效果,試想如果沒(méi)有統一的標準品，在自己的實(shí)驗里提取核酸時(shí)，得到的結果可能會(huì )是很困擾的。

<<<< 03 解決方案

為此，ATCC 開(kāi)發(fā)了兩種微生物組（Microbiome）標準品（均為通過(guò)細胞計數等量分配菌株或經(jīng)熒光定量后等量分配基因組拷貝數產(chǎn)品），一種為多個(gè)菌株混合標準品，適用于微生物組從提取到數據分析全流程實(shí)驗，另一種為多個(gè)菌株的基因組DNA混合標準品適用于提取之后的實(shí)驗（下期分享）。

這些標準品來(lái)源于A(yíng)TCC高質(zhì)量微生物培養物，并經(jīng)過(guò)多項測試（選取標準如圖6）。

圖6 ATCC微生物組標準品篩選標準

利用ATCC提供的數據分析解決方案，能夠優(yōu)化宏基因組學(xué)工作流程和微生物研究應用，提供可靠的比較數據，同時(shí)提高分析的穩定性。

現購買(mǎi) ATCC 微生物（Microbiome）標準品

享受 8.5 折優(yōu)惠！

附：ATCC 微生物組（Microbiome）標準品部分清單

購買(mǎi)咨詢(xún)：010-84415647

E-mail: zhangxiaoli@sinozhongyuan.com