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如何快速找到Addgene質(zhì)粒序列？
Q（使用者）：收到了Addgene質(zhì)粒，但是如何找到質(zhì)粒的相關(guān)序列呢？
A（小編）：小編平時(shí)會(huì )收到很多客戶(hù)的電話(huà)咨詢(xún)，想要了解如何找到購買(mǎi)的Addgene質(zhì)粒的序列。那么下面，小編將就這個(gè)問(wèn)題進(jìn)行詳細的解答。
下面以質(zhì)粒#51806為例，具體介紹一下如何在A(yíng)ddgene官方網(wǎng)站上（www.addgene.org）找到相關(guān)質(zhì)粒的序列。
一、搜索相關(guān)質(zhì)粒
首先，在A(yíng)ddgene官網(wǎng)首頁(yè)的搜索欄中輸入質(zhì)粒的編號：51806進(jìn)行搜索，結果如下圖所示，點(diǎn)擊藍色的質(zhì)粒名稱(chēng)，進(jìn)入相關(guān)質(zhì)粒的具體頁(yè)面。
二、查找質(zhì)粒序列
進(jìn)入相關(guān)質(zhì)粒頁(yè)面后，可以看到在質(zhì)粒圖譜的右側有三個(gè)黃色標題，其中最后一個(gè)標題：Sequence Information，即為質(zhì)粒序列相關(guān)信息。Depositor Sequences為質(zhì)粒原始持有人上傳給Addgene的序列，Partial是指該作者上傳序列時(shí)只提貨了一部分序列信息；Addgene Sequences為Addgene對質(zhì)粒進(jìn)行的測序結果。Full是指Addgene提供了質(zhì)粒的全部序列信息。點(diǎn)擊相關(guān)鏈接后，可進(jìn)入具體的序列頁(yè)面。
三、詳細解讀質(zhì)粒序列
為更好的滿(mǎn)足越來(lái)越多客戶(hù)的需求，Addgene 在2017年對質(zhì)粒分析軟件進(jìn)行了升級，現在“質(zhì)粒序列展示”由GSL生物公司的SnapGene軟件來(lái)支持。在SnapGene的序列查看軟件和豐富特征庫的支持下，新質(zhì)粒序列展示的解釋現在更加簡(jiǎn)單，并且分析更加一目了然。
以下三個(gè)因素使我們的SnapGene質(zhì)粒圖譜更便于瀏覽。這些實(shí)用而有效的更改將使您能夠快速找到具有所需功能的質(zhì)粒。
SnapGene的特征庫---SnapGene的軟件無(wú)縫地識別各種常見(jiàn)的質(zhì)粒特征，例如：抗生素的耐藥基因，篩選標記，啟動(dòng)子，起始子，標簽，和某些開(kāi)放閱讀框。他們復雜的檢測算法可以很容易地識別質(zhì)粒特征，并且可以區別僅僅相差幾個(gè)核苷酸的質(zhì)粒，例如，熒光蛋白EGFP和mEGFP。
對特征、酶和引物進(jìn)行清晰的注解---新圖譜上直接標注了大多數的特征，使其更容易被識別。
提升限制性?xún)惹忻傅目刹僮餍?/strong>---SnapGene軟件在圖譜上更好地對限制內切酶在質(zhì)粒上的精確位置進(jìn)行了標注?？梢员粰z測到的內切酶數量比我們以前的繪圖軟件中的多5倍?，F在更包括通常用于Golden Gate克隆或CRISPR gRNA克隆的IIS型限制酶。
有了這個(gè)更多功能的圖譜，你就可以更早的開(kāi)始考慮下一次的克隆實(shí)驗了。
除了這些簡(jiǎn)單而強大的展示方面的改進(jìn)，當您單擊任何質(zhì)粒圖譜時(shí)，您也可以下載靜態(tài)的圖像文件（PNG，見(jiàn)上文）供您參考或直接粘貼到您的筆記本中。這將使您更容易與同事共享質(zhì)粒信息，或者當您不使用計算機時(shí)向實(shí)驗室成員解釋質(zhì)粒特性。
一旦你確定了一個(gè)想更深入了解的質(zhì)粒，我們升級后的序列分析軟件將方便你深入細節的去了解。點(diǎn)擊“查看所有序列”按鈕，你可以發(fā)現來(lái)自質(zhì)粒原始提供者和Addgene自己的測序結果的可用序列信息：
在這里你可以下載一個(gè)有注釋的GenBank序列文件或SnapGene序列文件。然后，你可以在你選擇的序列查看器中分析序列。如果原始提供者提供了一個(gè)自定義注釋的GenBank文件，則可以在主質(zhì)粒頁(yè)上的“Resource Information”部分找到該文件。
想進(jìn)行更直接、更高層次的分析，你可以直接點(diǎn)擊“序列分析”按鈕，打開(kāi)一個(gè)由SnapGene提供的交互式的質(zhì)粒圖譜，并獲取額外的提示信息和序列分析標簽包括以下內容：
Maps
這是你點(diǎn)擊“分析序列”按鈕后的第一個(gè)標簽。這里所呈現的圖譜保留了上面討論的靜態(tài)地圖中的所有特性，但也具有交互功能。您現在可以停留在任何特征，酶，引物，或ORF上，以了解更多有關(guān)質(zhì)粒的信息。例如，如果你停在氨芐青霉素抗性基因上，你會(huì )發(fā)現基因的全名，基因產(chǎn)物的名稱(chēng)，以及它功能的描述。您還可以單擊質(zhì)粒中的一個(gè)位置，然后再單擊第二個(gè)位置，即可選擇兩個(gè)位置之間的序列，并將其發(fā)送到剪貼板以便進(jìn)行復制和粘貼功能。
Sequence
類(lèi)似于質(zhì)粒圖譜，這里的線(xiàn)性序列現在也是交互式的，并在特征上可以做類(lèi)似的停留。與map選項卡一樣，單擊線(xiàn)性序列中的兩個(gè)獨立的位置，即可選擇兩個(gè)位置之間的序列，并將其發(fā)送到剪貼板以進(jìn)行復制和粘貼功能。
Restriction Enzymes
在這里你會(huì )找到一個(gè)可以切割給定序列的限制酶的列表。該表包括：酶的名稱(chēng)，酶切的位置（堿基對），及酶切的總次數。使用右邊的過(guò)濾器可以查找單、雙和3個(gè)酶切的酶。還可以通過(guò)單擊列頭將酶進(jìn)行排序。點(diǎn)擊特定的限制酶也會(huì )在“map”和“序列”選項卡中突出顯示它。
Features
這里列出的表列出了序列中檢測到的質(zhì)粒共同特征。表格中包括特征的名稱(chēng)、位置、大小、在圖譜上表示它們的顏色、方向（如果相關(guān)）和類(lèi)型。列出的類(lèi)型是GenBank標準版本的特征類(lèi)型。點(diǎn)擊這里的某個(gè)特性也可以在“map”和“序列”選項卡中突出顯示該特征。
Primers
此表包含一個(gè)在給定核苷酸序列中檢測到的常用引物的列表。表格中包括引物的名稱(chēng)、序列、結合位點(diǎn)、長(cháng)度和方向。點(diǎn)擊一個(gè)特定的引物將在“圖譜”和“序列”標簽中突出顯示。
BLAST
通過(guò)使用NCBI網(wǎng)站上的局部序列比對基本檢索工具（BLAST）來(lái)確定一個(gè)給定的序列與核苷酸(BLASTN)或蛋白質(zhì)(BLASTX)序列數據庫之間的相似性（同源性）。此外，使用BLAST2對自定義序列和一個(gè)給定的序列進(jìn)行比對。
我們希望這些升級將便于您更容易地瀏覽質(zhì)粒存儲庫，并快速識別您下一次實(shí)驗所需的質(zhì)粒和特性。我們想向提出改版建議的您（我們的科學(xué)家們），以及向SnapGene和為實(shí)現這些改進(jìn)作出不懈努力的Addgene軟件開(kāi)發(fā)團隊表示謝意。您可以在blog.addgene.org下發(fā)表評論，以便我們及時(shí)了解您對于這些升級的想法，并可隨時(shí)查看我們?yōu)檫M(jìn)一步提高圖譜顯示和功能所做的其它努力。
本文內容來(lái)自Addgene網(wǎng)站：
http://blog.addgene.org/improved-plasmid-maps-powered-by-snapgene?utm_source=July+2017-Newsletter&utm_campaign=Addgene+Newsletter+July+2017&utm_medium=email
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